MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-3

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021157	GTC	2	6	24	29	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021157	A	7	7	51	57	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021157	GGT	2	6	72	77	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021157	TTC	2	6	109	114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021157	CCA	2	6	181	186	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_021157	CTA	2	6	210	215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021157	CTCCG	2	10	216	225	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_021157	GAT	2	6	291	296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021157	G	6	6	330	335	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021157	CCA	2	6	473	478	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_021157	CCA	2	6	519	524	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_021157	G	6	6	559	564	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021157	CTT	2	6	617	622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_021157	CCGCC	2	10	645	654	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
15	NC_021157	CGC	2	6	672	677	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_021157	AT	3	6	722	727	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021157	CTG	2	6	743	748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_021157	GCT	2	6	756	761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021157	CCCG	2	8	938	945	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
20	NC_021157	AGG	2	6	959	964	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021157	CGG	2	6	1024	1029	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907349
22	NC_021157	GGCA	2	8	1048	1055	25 %	0 %	50 %	25 %	482907349
23	NC_021157	GGC	2	6	1059	1064	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907349
24	NC_021157	CCTG	2	8	1079	1086	0 %	25 %	25 %	50 %	482907349
25	NC_021157	GCT	2	6	1134	1139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907349
26	NC_021157	CCG	2	6	1182	1187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907349
27	NC_021157	CGG	3	9	1197	1205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907349
28	NC_021157	TTG	2	6	1229	1234	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907349
29	NC_021157	GAT	2	6	1303	1308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907349
30	NC_021157	CGG	2	6	1333	1338	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907350
31	NC_021157	GCCGG	2	10	1343	1352	0 %	0 %	60 %	40 %	482907350
32	NC_021157	CTG	2	6	1361	1366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907350
33	NC_021157	GAA	2	6	1415	1420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907350
34	NC_021157	GGC	2	6	1605	1610	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907350
35	NC_021157	GCT	2	6	1642	1647	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907350
36	NC_021157	CGG	2	6	1763	1768	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907350
37	NC_021157	AGG	2	6	1806	1811	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482907350
38	NC_021157	TGCT	2	8	1836	1843	0 %	50 %	25 %	25 %	482907350
39	NC_021157	GGT	2	6	1912	1917	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907350
40	NC_021157	CAC	2	6	1921	1926	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907350
41	NC_021157	G	6	6	1958	1963	0 %	0 %	100 %	0 %	482907350
42	NC_021157	GCA	3	9	2042	2050	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907350
43	NC_021157	GCC	2	6	2139	2144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907350
44	NC_021157	GCT	2	6	2249	2254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907350
45	NC_021157	TGG	2	6	2280	2285	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907350
46	NC_021157	GCA	2	6	2291	2296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907350
47	NC_021157	AGA	2	6	2329	2334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907350
48	NC_021157	AG	3	6	2354	2359	50 %	0 %	50 %	0 %	482907350
49	NC_021157	GCG	2	6	2365	2370	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907350
50	NC_021157	GCG	2	6	2386	2391	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907350
51	NC_021157	CGC	2	6	2400	2405	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907350
52	NC_021157	GAT	2	6	2456	2461	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907350
53	NC_021157	AGC	2	6	2518	2523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907350
54	NC_021157	CAG	2	6	2526	2531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907350
55	NC_021157	ACT	2	6	2533	2538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907350
56	NC_021157	GAGC	2	8	2621	2628	25 %	0 %	50 %	25 %	482907350
57	NC_021157	GCAG	2	8	2644	2651	25 %	0 %	50 %	25 %	482907350
58	NC_021157	GAGC	2	8	2663	2670	25 %	0 %	50 %	25 %	482907350
59	NC_021157	GTG	2	6	2729	2734	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907350
60	NC_021157	GCTGGA	2	12	2749	2760	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	482907350
61	NC_021157	CGG	2	6	2826	2831	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021157	TGC	2	6	2929	2934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_021157	CGC	2	6	2952	2957	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_021157	T	6	6	3016	3021	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021157	TGG	2	6	3092	3097	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907353
66	NC_021157	TTA	2	6	3130	3135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482907353
67	NC_021157	A	8	8	3260	3267	100 %	0 %	0 %	0 %	482907353
68	NC_021157	TTG	2	6	3349	3354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907353
69	NC_021157	ATG	2	6	3361	3366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907353
70	NC_021157	TGT	2	6	3368	3373	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907353
71	NC_021157	ATT	2	6	3501	3506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482907353
72	NC_021157	TTG	2	6	3507	3512	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907353
73	NC_021157	TA	3	6	3566	3571	50 %	50 %	0 %	0 %	482907353
74	NC_021157	A	7	7	3575	3581	100 %	0 %	0 %	0 %	482907353
75	NC_021157	T	6	6	3614	3619	0 %	100 %	0 %	0 %	482907353
76	NC_021157	AAC	2	6	3624	3629	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482907353
77	NC_021157	TGA	2	6	3650	3655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907353
78	NC_021157	TAA	2	6	3671	3676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482907353
79	NC_021157	TGA	2	6	3713	3718	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907353
80	NC_021157	T	7	7	3762	3768	0 %	100 %	0 %	0 %	482907353
81	NC_021157	TCT	2	6	3785	3790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482907353
82	NC_021157	TAC	2	6	3812	3817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907353
83	NC_021157	ACT	2	6	3855	3860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907353
84	NC_021157	TAA	2	6	3904	3909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482907353
85	NC_021157	ATG	2	6	4092	4097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907353
86	NC_021157	T	7	7	4232	4238	0 %	100 %	0 %	0 %	482907353
87	NC_021157	ATT	2	6	4302	4307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482907353
88	NC_021157	TGT	2	6	4331	4336	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907353
89	NC_021157	TGG	2	6	4346	4351	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907353
90	NC_021157	TGT	2	6	4361	4366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907353
91	NC_021157	GT	3	6	4400	4405	0 %	50 %	50 %	0 %	482907353
92	NC_021157	TAA	2	6	4448	4453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482907353
93	NC_021157	CTG	2	6	4471	4476	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907353
94	NC_021157	GAT	2	6	4491	4496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907353
95	NC_021157	T	6	6	4514	4519	0 %	100 %	0 %	0 %	482907353
96	NC_021157	AGGG	2	8	4568	4575	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021157	TAA	2	6	4579	4584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021157	TA	3	6	4593	4598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021157	T	6	6	4611	4616	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021157	GAT	2	6	4617	4622	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021157	GT	3	6	4636	4641	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021157	T	8	8	4644	4651	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021157	AAG	2	6	4668	4673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.